GST/His Pull-down用于体外验证两个蛋白之间是否存在直接物理结合；DNA Pull-down则用于钓取与特定DNA序列结合的蛋白。
将诱饵蛋白表达并纯化成带有GST或His标签的重组蛋白，固定在相应的亲和层析介质（谷胱甘肽琼脂糖珠/镍离子琼脂糖珠）上，加入候选猎物蛋白（可以是纯化的重组蛋白，也可以是细胞裂解液）孵育，如果两者存在直接结合，猎物蛋白会被诱饵蛋白“钓”住并一起沉淀下来，通过Western blot检测猎物蛋白是否出现来确认结合关系。
DNA Pull-down以生物素标记的特定DNA序列作为“诱饵”，与细胞核蛋白提取物孵育后，用链霉亲和素磁珠富集结合了DNA探针的蛋白复合物，用于寻找能结合这段DNA序列的未知蛋白，常配合质谱鉴定使用。
Pull-down通常使用体外纯化的重组蛋白（背景干净），更适合验证两个蛋白是否“直接”物理接触；Co-IP在细胞裂解液的复杂背景下操作，检测到的可能是直接结合也可能是通过第三方蛋白间接连接，两者证据层次不同，建议结合使用以获得更完整的互作证据链。
两者各有优势：GST标签的谷胱甘肽亲和层析条件温和、非特异性结合相对较少，但GST本身分子量较大(约26kDa)可能影响蛋白折叠；His标签体积小、纯化条件更灵活，但镍离子层析在某些细胞裂解液背景下可能有更高的非特异性结合，具体选择可结合目标蛋白特性和实验室常规体系确定。
“仅标签”(如单独的GST或His标签蛋白，不融合诱饵蛋白)对照用于排除猎物蛋白是否会非特异性地直接结合到标签本身或层析介质上，如果这个对照组也检测到猎物蛋白信号，说明之前观察到的“结合”可能是假阳性。
当你需要在体外、排除细胞内其他因素干扰的情况下，直接验证两个蛋白（或蛋白与DNA）是否存在物理结合时，Pull-down是最直接的体外验证手段——回答“抛开细胞环境，这两个分子本身会不会结合”。
Pull-down以标签融合的诱饵蛋白（如GST-诱饵）固定于亲和介质（谷胱甘肽琼脂糖）上，与候选猎物蛋白共孵育后洗脱，经WB或质谱鉴定被"钓取"的结合蛋白。DNA Pull-down则以生物素标记的DNA探针结合链霉亲和素磁珠，从核蛋白提取物中富集与该序列特异结合的蛋白。
直接互作验证、DNA结合蛋白鉴定、互作结构域分析等。
排除细胞内间接互作的干扰因素
含蛋白纯化/探针制备、孵育、鉴定
根据需求匹配鉴定方式
蛋白-蛋白 / 蛋白-DNA均可开展
提交实验方案与目标
技术顾问确认工艺与周期
支付不低于50%项目启动款，正式排产
全流程质控留档
结清尾款，完成验收
标准订单及定制/大额订单均需支付不低于合同总额的50%作为项目启动款，剩余尾款支付时限根据具体项目另行约定。
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