常规克隆首选菌株，转化效率稳定，适合常规质粒扩增与蓝白斑筛选。
蛋白表达常用菌株，含T7 RNA聚合酶，适配IPTG诱导表达体系。
适合含重复序列/不稳定片段（如慢病毒载体）的质粒扩增，降低重组风险。
高转化效率克隆菌株，适合大片段/低浓度DNA转化。
DH5α这类克隆菌株经过基因改造，转化效率高、能稳定维持质粒不发生重组丢失，专门用于质粒扩增；BL21(DE3)这类表达菌株则携带T7 RNA聚合酶系统，专门为大量表达外源蛋白优化，两者不能互相替代——用表达菌株扩质粒容易发生非预期重组，用克隆菌株做蛋白表达则完全没有诱导表达能力。
DH5α等常规菌株的重组酶系统，容易让含有长重复序列或不稳定结构（如慢病毒载体的LTR长末端重复序列）的质粒发生分子内重组、导致质粒结构错误。Stbl3等菌株经过特殊改造，重组酶活性受到抑制，能显著降低这类不稳定质粒在扩增过程中出错的概率。
转化效率通常以每微克质粒DNA能转化出的菌落数(cfu/μg)表示，普通化学感受态细胞效率一般在10⁷-10⁸ cfu/μg量级，超高效化学感受态或电转感受态可以达到10⁹-10¹⁰量级，具体需求要看下游应用(常规克隆通常够用，文库构建等对转化效率要求更高的场景则需要更高效的感受态)。
化学法(热激转化)操作简便、成本低，是最常规的选择；电转效率通常更高，尤其适合大片段质粒或对转化效率要求极高的场景(如文库构建)，但需要专门的电转仪设备，操作也相对更精细，具体选择可根据实验需求和现有设备条件权衡。